超净工作台使用前应用紫外灯照射30－40分钟，并检查操作区周围各种可开启的门窗处于工作时位置。操作最好在操作区的中心位置进行，在设计上，这是一个较安全的区域。在进行操作前应对实验材料有一个初步的认识，同时了解自已所使用的设备的性能及安全等级。严格执行实验室安全规程。特定病原在任何超净工作台中的使用必须进行安全性评估。如果实验材料会对周围环境造成环境污染，就应避免在无排气滤板的型号内使用，因为在流动空气中操作与散毒无异。 任何先进的设备并不能保证实验的成功，动物检疫实验室超净工作台的使用是以无菌和避免交叉污染为目的，因此熟练的操作和明确的无菌要领是必不可少的。
超净工作台维护
   1、根据实际使用情况，定期将初效过滤器拆下清洗，清洗周期一般为3~6个月。（若长期不洗，积尘将影响进风量不足而降低洁净效果）。
   2、当正常调换或清洗初效空气过滤器后，仍不能达到理想的截面风速时，则应调节风机的工作电压（旋动旋钮），从而达到理想的均匀风速（新工作台始用时把风机的工作电压调整到80V~90V即可）。
   3、一般在使用十八个月后当风机工作电压调整至最高点时，仍不能达到理想之风速时，则说明高效空气过滤器积尘过多（滤料上滤孔已基本被堵，要及时更新），一般高效空气过滤器的使用期限为十八个月。
   4、更换高效空气过滤器时，应注意型号规格尺寸的正确（原生产厂家配置），按箭头风向装置，并应注意过滤器的周边密封，绝对无渗漏现象发生。